尿道炎は一般に男性の疾患で、主に性行為によって起こる性感染症です。思い当たるような性行為があって2～7日の潜伏期間を経て尿道口から濃い膿がたくさん出て、排尿痛が強いようなら淋菌による尿道炎、すなわち淋菌性尿道炎が疑われます。一方、性行為があって1～3週間の潜伏期間を経て尿道口から水っぽいような薄い膿が少量出て、排尿痛が軽いかほとんど無いようなら、淋菌以外の病原菌による尿道炎、すなわち非淋菌性尿道炎が疑われます。非淋菌性尿道炎の約半数はクラミジアが原因と言われます（クラミジア尿道炎）。ほかには大腸菌や腸球菌などの腸内細菌、皮膚や粘膜の常在菌、マイコプラズマやウレアプラズマによる尿道炎も知られています。数種類の病原体が同時に見つかるケースもあります。

なお、尿道炎は通常の性交のほか、オーラルセックスでも起こるケースが少なくありません。この場合は、パートナーの喉に尿道炎を招く病原菌が潜んでいると考えられます。